هي كنيسة الشعب، فالشعب هو القاعدة، الشعب هو الذي يختار القسوس، ومن الشعب ينتخب الشيوخ والشمامسة.
لذلك الكنيسة مشيخية لأن النظام المشيخي هو نظام إدارتها. فالقسوس شيوخ معلمين، وشيوخ الكنيسة هم مدبرون يعاونون القسوس في تأدية مهام وظيفتهم.
وتعرف الكنيسة المشيخية في مصر. وتوجد بعض التواريخ الهامة التي تعتبر مؤشرات على الطريق في مواصلة مسيرتها.
وقد اعتبرت سنة 1863 بدء الكنيسة الإنجيلية في مصر ولذلك لأنه في 15 فبراير 1863 رسم المجمع 4 شيوخ، 3 شمامسة لأول كنيسة في مصر كنيسة الأزبكية بالقاهرة.
وكان هذا المجمع وهو أول مجمع مصري في يوم 23 مايو سنة 1860 .
وفي سنة 1863 تقرر افتتاح مدرسة لاهوت لتدريب العمال المصريين وقد بدأ ما كان معروفًا باسم «صف اللاهوت».
وفي سنة 1870 اختير القس تادرس يوسف أول سكرتير وطني للمجمع وتحولت اللغة الرسمية للمجمع في اللغة الإنجليزية إلى اللغة العربية.
وفي سنة 1899 تكون سنودس النيل من أربعة مجامع وهي:
الوجه البحري-الأقاليم الوسطي-مجمع أسيوط ومجمع الأقاليم العليا.
وفي سنة 1900 تسلم السنودس العمل في السودان حتى عام 1912 حين صار العمل في السودان مجمعًا خامسًا للسنودس.
وفي سنة 1926 أعلن السنودس الاستقلال المالي والإداري. وفي سنة 1958 خرج السنودس من نظام رابطة المحفل العام للكنيسة المشيخية المتحدة في العالم.
ودعت الكنيسة وقتئذ «كنيسة الأقباط الإنجيليين» وفي تلك السنة تكونت المجالس المتخصصة بدلاً من اللجان السنودسية العامة.
وصار هناك «المجلس العام، والمجلس المالي، والمجلس الروحي، ومجلس التهذيب، ومجلس المؤسسات الخاصة».
ثم ألغي المجلس العام ومجلس المؤسسات الخاصة ولكن بقيت المجالس.
ثم في سنة 1963 صارت المدارس التي كانت تدار بمعرفة الإرسالية الأمريكية إلي إدارة سنودس النيل وبمقتضي الاتفاق بين السنودس ووزارة التربية والتعليم وتكون مجلس إدارة مدارس سنودس النيل.
كذلك تغير تشكيل مجلس وكلاء طلبة اللاهوت إلى مجلس إدارة كلية اللاهوت وهو النظام القائم حاليًا للسنودس بمجالسه المختلفة.
وأما عن دستور الكنيسة ففي سنة 1912 وضع السنودس الأول باسم سياسة الكنيسة المشيخية المتحدة ونظام عبادتها وأجري السنودس في سنة 1935 تنقيحًا له وطبع نسخة منقحة.
وفي سنة 1958 عندما أعلن السنودس خروجه عن رابطة المحفل العام،قرر السنودس استمرار العمل بدستور الكنيسة بصفة مؤقتة لحين وضع دستور جديد.
وقد تقدمت اللجان المتخصصة بمسودات للدستور طوال هذه المدة إلي أن قرر السنودس اعتماد الدستور المقدم في دورته سنة 1984 وقرر عمل بعض التعديلات والإضافات وطبع الدستور الجديد.
دستور الكنيسة
وضع السنودس نظامه الأساسي في عام 1912 باسم «سياسة الكنيسة المشيخية المتحدة ونظام عبادتها» ونفتح عام 1935.
وظلت الكنيسة تعمل به حتى عام 1958، عندما أعلن السنودس استقلاله عن المحفل العام في العام، فأعلن استمرار العمل به بسياسة الكنيسة ونظامها الأساسي، الذي هو بين أيدينا الآن.
